跨境電子商務的庫存管理主要是對庫存的數量進行控制，這是因為過多的庫存會占用資金，使跨境電子商務企業的資金流動性降低，不利于正常業務的進行。但是如果庫存太小，又將會對產品生產的連續性產生威脅。因此，對于跨境電子商務的庫存管理工作，賣家應該衡量占用成本與生產保證之間的關系，合理控制庫存數量，并保持合理的庫存水平。
作為物流管理的核心環節，最佳的庫存管理狀態必須能夠保證生產需求，保證庫存資金的最小。目前，跨境電子商務的庫存控制主要有四種模式：
第一、傳統的管理模式是各跨國界電子商務部門在物流過程中只為自己的庫存制定管理策略，根據交易層次，訂單驅動的是靜態庫存管理模式。
第二、供應商庫存管理模式，即基于戰略合作關系的跨國界電子商務形成的庫存管理模式。供應商管理跨境所需的物資，需要一定的協商，以保證庫存成本不高。近年來，許多跨國公司都采用了這種模式。
第三、聯合庫存管理是一種基于協調中心統一時間表的控制模式，它與傳統的庫存管理模式相對應，能夠克服傳統庫存控制模式的缺陷，避免供應鏈中的風險，以及時應對市場變化。
第四、協同供應鏈庫存管理，這種控制模式是建立在供應鏈集成的基礎上，減少供應商庫存，提高供應商銷售水平，促進跨國界電子商務與供應商的深入合作，同時也消除了供應鏈過程中的制約因素。
一般來說，跨境電子商務有兩個KPI指標用于庫存管理：
1、SKU庫存類型差異率;
2、SKU庫存數量差異率。
第一項指標是確保及時發出銷售訂單，減少倉庫中貨物的供應，而不是交付貨物;第二項指標是從保存公司財產的角度減少庫存損失和流動性占用。然而，實施效果往往不理想，仍然會出現大量停滯、大量損壞、大量損失的情況。
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